就在第二天, 多尔衮连续传下命令, 首先命阿济格等人取消进军计划, 边境各部队依然严守疆界, 不得轻举妄动；接着又下令严禁商人到南京政府的统治区内进行任何贸易活动，违令者立斩，家财充公，全家为奴，同时又令守卫边境的部队加强巡查，一但发现有偷渡私易者，可当场击杀；最后一条就是再次严令，任何人都不得私藏、销售、传播［杭州时报］违令者，斩立决，诛连三族，同时在北京及周边地区展开大搜查，彻底肃清［杭州时报］，并悬赏举报者。这时流传到清廷的［杭州时报］有八成以上都是在北京及周边地区销售的。
北京人在天子脚下，大邦之地生活了两百多年，在心里上都是天子之民自居，而且明朝对民间言的控制，相对较松，因此北京人也都十分习惯讨论朝政事情，而且［杭州时报］的内容也确实十分新奇，不仅报导南京的新闻大事，北京的消息也报导了不少，完全可以满足许多人这方面的心理。许多北京的事情，人们都是从［杭州时报］上知道的。
另外现在清廷刚刚入关不久，人心多有不服，而且又连续推行剃发令、圈地令、投充法、逃人法的暴政、弊政，而些暴政、弊政颁布之后，又是以北京地区的百姓受害虽深，因此绝大部份百姓对清廷的统治都十分不满，转而对南京政府这个新兴的政府都颇为其待，许多人都盼着商毅能够打进北京，赶走清廷。当然这也仅仅只是从精神上支持，在实际进动上，到也没有多少人真的敢揭竿而起。
不过也因此对［杭州时报］又多了几分感情，因为从［杭州时报］上总可以得知南京政府的消息，而且也总是在宣传，南京政府早晚都会举行北伐，收复失地，而每当看到这些消息，人们心里也就都觉得有了希望。因此尽管此前清廷下令禁止［杭州时报］在境内传播，但还是有不少人在私下交流传阅［杭州时报］。
而且没有多少北京的居民把这份禁令太当一回事，左不过就是一份报纸而己，又算得了什么？不少人都有这种想法，就算自己私藏几份［杭州时报］，又有谁知道呢？另外清廷虽然下了禁报令，但并没有严查销购渠道，在客观上也纵容了［杭州时报］在地下传播。
但这一次多尔衮显然是准备动真格了，下令之后，立刻派人严查，很快就查出了两个定期地下出销［杭州时报］的窝点，然后又沿着这两个窝点顺藤摸瓜，找到了［杭州时报］的总来源：两名获准与南京进行南北贸易的商人。这一下就抓了三十余人，全部下狱。
随后又通过这三十佘人，又挨个的查找下线买家，结果拨出萝卜带出泥，短短三四天的功夫，一下孑就抓获了一百余人。而多尔衮已经下定了杀一敬百的决心，就在第五天，将这抓获的一百余人全部处斩。并且还不罢手，在北京地区展开了进一步的清查。
这时这一次事件也开始被人正式冠以“杭州时报案”的名字。
这一下确实震动了整个北京城，人们终于也看明了清廷的凶残面目，于是有不少人把家里收藏的［杭州时报］给偷偷烧毁，但也有人还舍不得把这些希望毁掉，因此尽力在家里藏好。不过还是有不少人被清廷搜查出来，当然也有相当一部份人是被别人举报，而从这一批人中又带出下一批人。结果就在第十二天，第二批由于私藏［杭州时报］的三百余人也被清廷处斩，而牵的家属、弟孑达到千余人。
但到了这时，杭州时报案不仅沒有结束，而且还有愈演愈烈之势，因为后来查出的，不仅有印刷好的［杭州时报］，同时还出现了手抄本，和简印本，同时竟还搜出了夹在报纸里的百余份传单，都是号招百姓揭杆而起，赶走清虏，或者是逃到南方去，而被牵扯进来的人也越来越多，不仅有百姓，有商人，有读书人，还出现了官员。
同时抓人也不用管什么证据不证据，只要被抓的人一句话，某某人在我家里看过这份报纸，其人也就立刻被抓。不少人因为熬不过刑法，结果真的假的，供出了一大堆来，因此到了十二月二十日的时候，因杭州时报被抓的人己经达到二干五百余人，而可判斩立决者，达千余众。
多尔衮得知这一情况之后，也不由大吃一惊，没想［杭州时报］在北京竟然传插的这么广泛。不过满人从来就不怕杀人多，屠起城来的时侯，动辄上万，那会在乎这几千人，因此多尔衮丝毫也没有犹豫，大笔一挥，斩立决。
于是就在十二日二十一日，新年快要到来之际，整个北京城竟被一片血雨腥风所笼罩，这一次处斩的人数为一千零七十三人。但谁也没有想到，就是这一天，包括随后的几天内，死亡的人数其实远远超过了这个数字。
明朝的时候，北京执行杀人的刑场是在北京城内的西市，(即西四牌楼) , 但淸廷入主北京之后，将其改在宣武门外的莱市口，因为这里本来就是一个莱场，地方宽阔，杀人，看热闹，都有足够的空间。
当然莱市口的位置再大，一千多人也不可能一起都放在这里杀死，而且斩刑发展到现在，也是有一套完整的程序，包括固定的时间，因此只能轮着来，一天杀多少算多少，如果杀不完，就等明天再杀，直到杀完为此。
而且历来杀人都不乏看热闹的人，现在杭州时报案早己经轰动了整个北京，因此看热闹的人也犹为众多，达到两万余从，莱市口的地方虽然大，但也被挤得满满当当，连周边的酒楼茶馆里都己经坐满了人。
按照中国的传统，杀人的时间是定在午时三刻，因此到了午时之前，就要押犯人进场，只听铜锣声响，一队士兵在前方开道，将围观的人群分出一条路来，监斩官骑着高头大马，戎装持刀，杀气腾腾的走在前而，然后在左右两队刀出鞘，箭上弦官军的护卫下，押着数百名囚犯走进了刑场，再后是，是拉盖尸席的马车，气氛煞是森严。
走进刑场之后，犯人被押在一边，由一队士兵看守，其余士兵将刑场围了一个半圆，十余名刽子手在刑场中间怀抱鬼头刀，站成了一排。监斩官在高台上就坐，然后打开名策，叫着被斩之人的名字。一次处斩十人。而每叫一个名字之后，由两名士兵上来，从犯人群里拉出一个人，带到刽子手身前跪倒，等着处斩。被拖出处斩的人中，有人垂头丧气，闭目等死；也有人嚎啕大哭，苦苦求侥，也有两个人大声喝戏，还有人喊了一声二十年后又是一条好汉之类的话，引得围观的人一片喝杀声。
由于今天要处斩的人太多，因此连常例的断头酒都免了。但刽子手的程序是不能少的，在监斩官扔下竹签之后，每名刽子手身边立刻有人托上一个红托盘，上面有三个白瓷杯，一杯水，一杯茶，一杯酒。按照规据，刽子手先以淸水漱口，再呷一口酒喷在鬼头刀刃上，最后那杯茶喝干，然后再举刀行刑。
刀光闪过之后，十颗人头落地，十俱无头之尸仆倒在地上，一腔腔热血喷流到地上，被黄土地吸干。而围观的人群中也爆发出一阵惊呼，当然夹杂着不少喝釆声。
监斩官立刻开始叫第二批处斩的人员名字，而刽子手则趁着这个空隙，洗手换刀，等着处斩第二批犯人。
被带上来的第二批犯人中，有两人己被吓昏过去，但该斩还是要斩，随着竹签落地，刽孑手们又开始清口、喷酒、喝茶、举刀。
就在这时，从周围的几个茶馆酒楼上，忽然白片飞扬，散下无数张纸片来，还有人大喊着叫底下的人接着，这下确实吸引了不少人的注意力，因此行刑也暂时停了下来。不过士兵们都十分机警的保护好了法场。连监斩官也站了起来，右手扶住了佩刀的刀柄。
围观的人群中有不少人伸手去抢空中的纸片，也有不少被风吹着飘到法场上，监斩官皱了皱眉，一抬手抓住一张飞到自己面前的纸片，只见排头写着四个大字“杭州时报”。监斩官也不禁大吃一惊，立刻道：“来人，立刻去搜查撒纸的人，把他们抓来见我。”
但这时抢到纸片的人也有不少看清了这四个大字，现在这四个字在北京城里就像瘟神一样，谁还敢碰一下，因此谁不恐慌，忙不迭的把抢到手的纸片扔走。但也有人沒有抢到，还不知道这是什么，仍然抢过来看，也有人不识字，问身边的人，写的这是啥玩意，于是有人惊呼，有人大叫，而人群也立刻搔乱了起来。
就在这时，去去搜查撒纸人的清兵，也从法场出来，直奔向人群中。